Tim Kerja Pengawasan Faktor Risiko Kesehatan Alat Angkut dan Barang mempunyai tugas : 

1. Pengawasan faktor risiko kesehatan pada alat angkut melalui pemeriksaan dokumen karantina kesehatan, dokumen lainnya, dan/atau pemeriksaan fisik pada alat angkut pada saat keberangkatan dan kedatangan;
2. Penerbitan dokumen karantina kesehatan dan dokumen lainnya terhadap alat angkut;  
3. Pelaksanaan tindakan kekarantinaan Kesehatan pada alat angkut;
4. Pengawasan faktor risiko kesehatan pada barang melalui pemeriksaan dokumen karantina kesehatan, dokumen lainnya dan/atau pemeriksaan fisik pada barang;
5. Penerbitan dokumen karantina kesehatan dan dokumen lainnya terhadap barang; dan  
6. Pelaksanaan tindakan pengendalian pada barang diantaranya berupa kegiatan disinseksi, dekontaminasi, dan pemusnahan barang yang berisiko.